Atik Ali Paşa Medresesi, caminin karşı tarafındadır. Arkadan geçen Yeniçeriler Caddesi, 1880’de genişletilirken ön tarafı kesilmiş, yıkılan dört hücre yerine üstlerine ikişer oda ilave edilmiştir. Yapının kitabesi bulunmamaktadır.
Osmanlı medrese mimarisine uygun olarak bir şadırvan avlusunu çeviren kubbeli revaklardan oluşan medresenin hücreleri de ocaklı ve kubbelidir. Tam ortada ise büyük kubbesiyle dershane-mescit bulunmaktadır.
Medresenin mimarı hakkında ise bir kayda rastlanmamıştır.
Külliyenin bir kitabesi olmamakla beraber vakfiyesi 1509 tarihlidir. Caminin yapım tarihinin 1496-1497, medresenin yapım tarihinin ise 1498 olduğu kaydedilmektedir.