Kaptanı-ı Derya Gazi Hasan Paşa konağının, arsalarından biri olan okulun yeri 1828 yılında Paşa’nın mirasçılarından alınmıştır. 1875 yılında Bahriye Nezareti tarafından deniz subayı yetiştirilmek üzere yapılan ve Bahriye Rüştiyesi adı verilen binanın dört duvarı kagir olup döşeme ve tavanları ahşap olarak yapılmıştır. Bina 1982 Haziran ayında büyük onarıma alınmış, dış duvarları kalmak içeriden betonarme olarak yeniden inşa edilmiştir. 13/02/1984 günü yeniden Eğitim ve Öğretime açılmıştır.
1909 yılında Bahriye Rüştiyesi kaldırılarak bina, İstanbul Milli Eğitim Müdürlüğüne devredilmiş, Kasımpaşa Merkez Rüştiyesi adını almıştır. Cumhuriyetin ilanından sonra okula Üçüncü İlkokul adı verilmiştir. Okulumuz adını İstanbul’u Bizanslılardan alan Osmanlı Padişahı Fatih Sultan Mehmet’in Kadısının ismi verilmiştir.